Za swoje czyny Ağca odbywał karę przez prawie dwadzieścia lat we włoskich więzieniach, po czym na prośbę papieża został ułaskawiony. W Turcji spędził w celi kolejne pięć lat, został zwolniony 12 stycznia 2006. Ponownie osadzony w więzieniu 20 stycznia 2006. 18 stycznia 2010 Ali Ağca opuścił więzienie znajdujące się na przedmieściach tureckiej Ankary.